京都大学には「吉田」「宇治」「桂」の3つのキャンパスがあり、またいくつかの施設は日本各地に点在しています。また、吉田キャンパスは、7つの構内に分かれています。
以下の表から、各研究所・センターがどのキャンパスにあるかがわかります（五十音順）
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iPS細胞研究所
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606-8507
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京都市左京区聖護院川原町53
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ウイルス・再生医科学研究所
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606-8507
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京都市左京区聖護院川原町53
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エネルギー理工学研究所
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611-0011
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宇治市五ヶ庄
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化学研究所
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611-0011
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宇治市五ヶ庄
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学術情報メディアセンター(北館)
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606-8501
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京都市左京区吉田本町
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学術情報メディアセンター(南館)
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606-8501
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京都市左京区吉田二本松町
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基礎物理学研究所
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606-8502
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京都市左京区北白川追分町
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経済研究所
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606-8501
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京都市左京区吉田本町
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複合原子力科学研究所
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590-0494
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大阪府泉南郡熊取町朝代西二丁目
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高等研究院
物質-細胞統合システム拠点
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606-8501
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京都市左京区吉田牛ノ宮町
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こころの未来研究センター
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606-8501
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京都市左京区吉田下阿達町46
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人文科学研究所
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606-8501
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京都市左京区吉田本町
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人文科学研究所附属
東アジア人文情報学研究センター
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606-8265
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京都市左京区北白川東小倉町47
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数理解析研究所
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606-8502
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京都市左京区北白川追分町
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生存圏研究所
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611-0011
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宇治市五ヶ庄
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生態学研究センター
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520-2113
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大津市平野2-509-3
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東南アジア地域研究研究所
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606-8501
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京都市左京区吉田下阿達町46
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フィールド科学教育研究センター
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606-8502
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京都市左京区北白川追分町
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防災研究所
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611-0011
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宇治市五ヶ庄
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野生動物研究センター
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606-8203
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京都市左京区田中関田町2-24
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霊長類研究所
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484-8506
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犬山市官林41-2
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