この内、14部局は、文部科学省より「共同利用・共同研究拠点」としての認定を受けて国内外の研究者コミュニティとの共同研究を推進しています。さらに、フィールド科学教育研究センターの持つ５つの隔地施設が文部科学省の「教育関係共同利用拠点」としての認定を受けています。