第III期　未踏科学研究ユニット

1. 共生共進化研究ユニット

2. フィールドワークとデータサイエンスを融合した超学際研究ユニット

3. 相互作用トポロジーからの複雑システム解明ユニット

第II期　未踏科学研究ユニット

1. 未来を切り拓く量子情報ユニット 

2. 多階層ネットワーク研究ユニット

3. 持続可能社会創造ユニット

4. データサイエンスで切り拓く総合地域研究ユニット

第I期　未踏科学研究ユニット